Eclipse の EGit プラグインでは、サブモジュールを含むリポジトリをチェックアウトすると、まだ何も変更していないはずなのに、変更ありのマークが付くという不可思議な状況になります。
最初はいきなり変更ありのマークが付いて何かミスったのかと思いましたが、やり直しても変わらないのでEGitがおかしいってことですね。
ちなみにシンボリックリンクも同じように変更していないはずなのに変更ありのマークが就いてしまいます。
調べてみたら、どうやらEgitが使うgitのJava上の実装であるJGitのバグのようです。シンボリックリンクの扱いが原因みたいですね。
https://bugs.eclipse.org/bugs/show_bug.cgi?id=391280
Eclipseはクロスプラットフォームである以上、シンボリックリンクの扱いをどうするのかは難しい問題なのかもしれません。上記リンク先を見ると、まだバグの対処は手付かずのようです。
仕方ないのでとりあえず、僕は端末上から git コマンドを併用することにしています。ステータスを見る時やgit コマンドによる各種操作はEclipseでなく端末上の git から行うようにしています。Eclipseはヒストリー(コミットグラフ)が見やすいのと、コミット時に出る、変更一覧を選択して差分を見るダイアログが見やすいので、実際のコミットは行わずコミット時のダイアログだけ見るといった使い方をしています。
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